En 1998, un frère du Prieuré de Murât (France) est condamné à 24 mois de prison avec sursis pour agression sexuelle sur un jeune garçon de 15 ans.
À Boulogne, un frère a été mis en examen en 2001 pour viol aggravé sur une jeune fille mineure. La victime après avoir subi de multiples pressions de la part de frères de Saint-Jean est revenue sur sa déposition. Contrairement à ce que laissait entendre la communauté et un ami intime du frère mis en cause, l’enquête pénale restait toujours en cours au tribunal de Nanterre, pour déboucher sur un non lieu en septembre 2003.
Les dérives dont souffrent la communauté française touchent également nombre de prieurés hors de France.
Aux Pays-Bas, deux filles de 17 ans ont été débauchées par un frère prieur.
Une oblate philippine de Saint-Jean que nous avons contactée nous apprend que la communauté présente en Asie a organisé en 2001 la fugue d’une jeune asiatique à Saint-Jodard (prieuré de formation des frères et des soeurs contemplatives en France), puis au prieuré des soeurs de Pellevoisin (France), au motif que sa mère avec qui elle vivait jusqu’alors pratiquait la sorcellerie et qu’elle y était en danger. Les frères S. et P. ont eux-mêmes soutenu et orchestré cette opération. Cette mère apprendra seulement un an et demi après la présence de sa fille en France disparue chez les soeurs contemplatives de Saint-Jean (qu’elle quittera peu après).
Deux autres personnes en Asie ont dit avoir été témoins en mars 2003 de détournements de courriers leur étant (ainsi qu’à d’autres jeunes) destinés. Ces jeunes fréquentaient régulièrement ou occasionnellement l’un des prieurés Saint-Jean. Ils représentent un véritable vivier de vocations pour la communauté alors que les candidats en France se font rares. Ces détournements étaient orchestrés par le jeune frère J. L’une de ces lettres qui n’a pu être interceptée par le frère mentionnait l’évêque d’Autun. Elle aurait été jugée non conforme à l’esprit de Saint-Jean.Témoignages vérifiés auprès d’une source interne à la communauté. Le frère S. est bien au courant de ces délits et continue de les couvrir avec bienveillance.
En Suisse, une affaire tragique pourrait embarquer une nouvelle fois la communauté Saint-Jean devant la justice. Détruit psychologiquement après plusieurs années chez les frères de Saint-Jean, un jeune homme en juillet dernier a tué son père par huit coups de couteau alors que celui-ci tentait de le décourager de vouloir retourner vivre dans la communauté.
Le cardinal Lustiger a retiré aux frères de Saint-Jean l’aumônerie du collège Stanislas à Paris. Des revues cassettes et instruments sadomasochistes sont retrouvés dans l’appartement occupé alors par les frères de Saint-Jean. La brigade des mineurs a ouvert une enquête. Les frères de Saint-Jean n’ont depuis plus aucune charge sur le diocèse de Paris. Ils sont interdits d’antenne sur Radio Notre-Dame et KTO Télévision. Pour néanmoins garder un pied auprès des jeunes catholiques à Paris dont beaucoup sont eux-mêmes issus, les frères de Saint-Jean n’hésitent pas à développer de nouvelles structures (la dernière en date : Noé-Mission Saint-Jean) et à promouvoir des groupes qui leurs sont directement ou indirectement rattachés. À titre d’exemple, le groupe des « Pèlerins », est l’un d’entre eux. Il est hébergé pour ses réunions au prieuré Saint-Jean à Boulogne-Billancourt (aux portes de Paris). Il a été fondé par ce frère (mentionné plus haut) accusé de viol aggravé sur une mineure (du groupe). Il est co-animé depuis quelques années par un étudiant, très proche de ce frère et de la communauté. Ce même étudiant fut impliqué à un moment donné dans un autre groupe, Abba, présent lui sur le diocèse de Paris. Il est animé aujourd’hui par de jeunes convertis et anciens étudiants de l’école de philosophie de la communauté Saint-Jean : le Cephi. Ces inconditionnels de l’enseignement du père Marie-Dominique Philippe invitent ce dernier chaque mois dans une paroisse parisienne (Notre-Dame de l’Assomption) pour donner une conférence (alors même qu’il fait l’objet d’une interdiction d’enseigner par Rome) à de nombreux étudiants qui fréquentent leur groupe. Si ces jeunes semblent être le plus souvent animés par un grand altruisme et ignorent tout des dérives évoquées, leurs leaders ne peuvent méconnaître la gravité de la situation compte tenu des liens étroits qui les lient avec certains frères de la communauté qui sont au cœur de la crise. Quelques-uns de ces jeunes, comme de nombreux frères de Saint-Jean doués sou-vent d’un grand idéal et d’une véritable générosité, semblent être sous l’emprise intellectuelle de la dizaine de frères qui, avec le père Marie-Dominique Philippe, contrôlent effectivement la communauté. Encore une fois, ce sont les situations des jeunes, dont beaucoup ont été détruits par leur engagement dans la communauté après un discernement aléatoire, qui nous préoccupent.
Lors de notre enquête, plusieurs frères ont tenté d’expliquer que la « persécution » qui touche leur communauté est la preuve et le signe que celle-ci est dans la « vérité », assimilant à plusieurs reprises sa situation à « la passion du Christ »…